突击编队采取什么航线，是个极为重要的问题。从日本驶往夏威夷，通常有三条航线可供选择。一条是经由阿留申群岛以南海域东行然后南下的北航线，一条是各国商船经常使用的从中途岛附近通过的中航线，另一条是经过马绍尔群岛从西南方向接近的南航线。北航线离美占岛屿较远，不易被美岸基航空兵发现，与他国商船相遇的能性甚小。采用这条航线的优点是便于隐蔽航渡，缺点是气象不良，浪大雾多，海上加油和大编队航行都很困难。中航线、南航线的利弊与此相反，风浪不是很大，海上加油和编队航行都问题不大。

若从马绍尔群岛出击，除驱逐舰外，其余舰只无需在海上加油。但两条航线离美占岛屿较近，不被美巡逻机发现的可能性不大。日突击编队认为，这次行动成败的关键在于能否达成突然性，因而后确定选用有利于出奇制胜的北航线，并作如下具体规定：

1.除中途岛破袭部队外，其余各部均在择捉岛的单冠湾集结，并于×一12日从该地出发，×一1日7时许进至D点（北纬30度、西经度）附近后，高速（约24节）南下。

2.×日1时，驶抵E点（珍珠港北海里）附近，第1攻击波的飞行队全部离舰，前去空袭敌舰队及瓦胡岛上的主要航空基地；

3.空袭结束后收回飞机，迅速撤离，经由中途岛以北海里之外的海域返航，并须做好随时击退敌人反击的准备，约于×＋15日回到濑户内海西部；

4.万一被敌海上编队截断上述退路，则向西南方向撤离，在P点（北纬15度、东经度）附近补充油后，驶往马绍尔群岛；

5.补给队在D点附近完成加油任务后与被补给部队分手，经由G、H、点于×＋6日以前驶抵K点（纬30度、东经度）待命。

先遣编队由于其潜艇可以隐蔽地向战场航渡，对航线的选择不甚严格，只要避开中途岛的空中巡逻即可。它的主要任务是配合突击编队，所以必须做到以下几点：

1.为了确保突击编队的安全，须派潜艇预先对斐济、萨摩亚以及阿留申等地的军事要地组织侦察，查那里有无可对突击编队构成威胁的敌强大部队；如有，则严密监视其行动；

2.各潜艇部队于开始空袭的3天之前在瓦胡岛周围构成包围圈，并逐渐收缩，为突击编队向夏威夷接近提供掩护与警戒；

3.事先对拉哈纳锚地（莫洛凯岛）进行侦察，并及时发回敌情报告，因为如果美国舰队主力泊于该处，袭重点就需变更，或组织潜艇部队对其袭击；

4.由于突击部队从夏威夷的北面接近和攻击，潜艇的配置必须便于截击企图北上反击的敌水面舰艇部队；

5.在尼豪岛以南配置1艘潜艇，以便援救落水的己方飞行人员；

6.袖珍潜艇必须等到空袭部队第一攻击波开始空袭之后，才能开始攻击；

7.为了袭击因受攻击而出港窜逃的敌舰船，一部潜艇须在港口附近作密集配置。

为使两个编队密切协同，联合舰队规定在×＋4日之前，先遣编队由突击编队指挥官南云中将统一指挥。